Gmina Kotuń jest jedną z trzynastu gmin składających się na powiat siedlecki. Położona jest we wschodniej jego części na obszarze 150 km², gdzie około 65% zajmują użytki rolne, a około 22% powierzchni gminy stanowią lasy. Przez teren Gminy przepływa rzeka Kostrzyń z dopływami o wysokiej klasie czystości.